Situada en la plaza de San Juan y fundada a mitad del siglo XII, se encuentra muy transformada debido a las sucesivas reedificaciones y restauraciones a que ha sido sometida. Inicialmente era de una sola nave, orientada al este, con ábside, torre en el lado sur, así como la puerta de acceso. Ya en el siglo XV debieron de añadirse dos capillas, las más próximas al presbiterio, época en la que también pudo acabarse la torre; y en el siglo XVII sufrió una transformación sustancial, que afectó al conjunto del edificio, abriendo algunas capillas y sustituyendo la puerta primitiva.
   A principios del siglo XX, se encontraba en mal estado, aunque aún se conservaba gran parte de la torre, iniciada en piedra y con dos cuerpos de ladrillo, de estilo mudéjar.
   Lo que en la actualidad se conserva de su fábrica primitiva es el presbiterio, con un ábside iniciado en piedra en el siglo XII y terminado en ladrillo en el XIII; este cambio de material supuso la transformación de las columnillas de piedra de la parte inferior en pilaretes de ladrillo en la superior. El ábside termina en un friso de arquillos ciegos realizados en ladrillo, de las mismas características que los que hay en Santa María o San Miguel, aunque en estas iglesias sean en piedra.

   En la iglesia de San Juan Bautista están perdiéndose los restos de pintura mural que sobrevivieron a una descuidada restauración. En el ábside románico de esta iglesia se había pintado, también hacia la mitad del siglo XIV, un gran retablo mural dedicado al titular de la iglesia: San Juan Bautista, que ocupa en solemne figura, el centro del mismo; a los lados había, por lo menos, ocho escenas de la vida del Santo, cuatro a cada lado. De ellas se podían identificar algunas en la fotografía del Archivo Mas; el Santo ante Herodes, Prisión de San Juan, Decapitación y entrega de la cabeza a Salomé. El resto estaba ya casi perdido cuando se hizo la fotografía, por los años 1930. En la parte alta había una escena de la Santa Cena, en el centro, y otras en los laterales que parecen representar escenas de la Pasión; gran parte de estas pinturas estaban tapadas con cal y se habían picado para aplicarla, por lo cual resulta muy difícil identificarlas. He dicho que la restauración se hizo sin gran cuidado, ya que de haberla hecho bien se hubiera podido salvar de la piqueta el hermoso mural. Había dos soluciones correctas: una, restaurar el mural y dejar el ábside tal como había quedado después de ser pintado en el siglo XIV (este es el caso de San Miguel); otra, si se quería resaltar la obra románica, haber arrancado primero las pinturas y, una vez restauradas, colocarlas en un panel; posteriormente se podía haber procedido a la restauración del ábside. Pues se hizo al revés: se sacaron los arquetes de la parte baja del ábside sin tener en cuenta la pintura, con lo cual se perdió el conjunto. Y la parte que ha quedado in situ se está perdiendo por efectos del viento, humedad, etc. Se hace necesario restaurar las pinturas y cubrir de nuevo la iglesia; queda completa la representación de la Santa Cena y algunas escenas laterales de la parte alta, y restos de la figura de San Juan y de dos escenas de su vida. La estructura de este retablo era muy parecida a los de la iglesia de San Miguel; las distintas casas están separadas también por el zig-zag, pero la realización del dibujo parece más primitiva. Puede decirse que de aquí derivaría la tradición mural de las pinturas de Daroca y que este conjunto tal vez sí se pintaría en la primera mitad del siglo XIV.