Fundado en 1731, el edificio es todo de ladrillo, con un zócalo de piedra sillar. Forman conjunto convento e iglesia; ésta tiene en el centro un arco de medio punto que enmarca la puerta y una hornacina en la parte superior, hoy vacía, con complicados adornos barrocos; encima hay un óculo y a los lados, varias ventanas; la fachada termina en cornisa y frontón partido.
   La iglesia, al interior, tiene tres naves cubiertas con lunetos y bóvedas vaídas sobre pilares cuadrados. El altar mayor está dedicado a Santo Tomás de Aquino. Destacan además los retablos de San José de Calasanz, la Sagrada Familia y el de la Piedad.
   El convento tiene una fachada de cuatro plantas, con impostas entre ellas; tiene ventanas con molduras en los inferiores y balcones en el superior. En el interior destaca el claustro que tiene arcos de medio punto en la planta baja y tres pisos con ventanas con molduras, separados también por impostas horizontales y pilastras verticales.
   Todo el edificio es un conjunto de gran belleza, acentuada por su situación al lado de las murallas y la Puerta Alta.

   El convento de la Santísima Trinidad se fundó en 1266 en el edificio del antiguo hospital de San Marcos. Se halla situado junto a la Puerta Baja, fuera de los muros de la ciudad. El convento ha sido totalmente reformado y del antiguo edificio sólo queda la iglesia. Se halla tapada por varias edificaciones adosadas, que le restan visibilidad. Es toda de ladrillo; el muro sur que da al Paseo, en el que se abre la puerta, parece un arreglo del siglo XVII; sin embargo, la portada, la espadaña v la cubierta corresponden a la época de la construcción: finales del siglo XV y principios del XVI.
   Las obras, según nos demuestran los documentos, fueron lentas En el año 1497, fray Antón López, primicial de la Orden de la Santísima Trinidad se comprometía a «obrar y levantar de bóveda toda la iglesia de la Santísima Trinidad de la dicha ciudat».
   Sin embargo, en 1511 se envía a Antonio de Salazar a predicar «los tesoros y gracias espirituales» a cambio de los bienes temporales que darán para el texaro y fabrica del Sacro Co1egio y casa de oración de la Trinidad de la dicha ciudat de Daroca».
   En 1512 se encargaba a Ismael el Morisco «catorce mil rajolas de la marca de Daroca». Pero en 1518 se le reclaman parte de los ladrillos a este rajolero: por lo cual parece que la iglesia se terminaría en fecha posterior.
   En 1537 si se habría terminado definitivamente, ya que los cofrades de la Asunción encargaban un retablo al pintor Domingo Durango, para esta iglesia, por 208 sueldos, que se recaudaban por suscripción.
   La iglesia consta de una nave, orientada al este y cubierta con bóveda de crucería, y ábside poligonal. Un atrio cubierto con bóveda de crucería cobija la portada que tiene arco apuntado con tres archivoltas de cardinas de tipo mudéjar, muy parecidas a las de la capitalla del Patrocinio, realizada como se ha dicho por los moros, Mahoma y Brahen de Cuéllar, y tímpano con un relieve del siglo XV que representa la llegada de la mula con la arqueta de los Sagrados Corporales.

   El convento que desde 1522 ocupan las Madres Dominicas, dedicándolo a la Virgen del Rosario inicialmente fue masculino y estaba dedicado a San Lázaro. Edificado antes de la segunda mitad del siglo XV, en el año 1466 se estaba construyendo el coro de la iglesia, o cripta, como se le llama en los documentos; se construía también una argamasa en el huerto; parece que la iglesia estaba en zona baja y había problemas de filtraciones de la rambla de la calle Mayor. Esta iglesia del siglo XV parece que es la misma que pasó a las monjas en 1522 y que se ha conservado, sólo en parte, hasta la actualidad; tras las restauraciones de 1963 y 1964 han transformado bastante su aspecto, pero aún quedan las bóvedas que dan testimonio de la antigüedad de la iglesia.
   La galería de arcos de ladrillo de estilo aragonés que se conservan en el lado sur del convento bien pudiera corresponder a las obras que se realizaban en el mismo a principios del siglo XVII. En 1610, fray Jacinto Serrano, fraile de la orden de Predicadores y procurador del convento del Rosario, hacía un contrato con Toribio Cueto, labrador, para que éste acarrease toda la piedra necesaria para la obra del convento. Firmaban el contrato cuatro monjas y el confesor del monasterio.