El convento de la Santísima Trinidad se fundó en 1266 en el edificio del antiguo hospital de San Marcos. Se halla situado junto a la Puerta Baja, fuera de los muros de la ciudad. El convento ha sido totalmente reformado y del antiguo edificio sólo queda la iglesia. Se halla tapada por varias edificaciones adosadas, que le restan visibilidad. Es toda de ladrillo; el muro sur que da al Paseo, en el que se abre la puerta, parece un arreglo del siglo XVII; sin embargo, la portada, la espadaña v la cubierta corresponden a la época de la construcción: finales del siglo XV y principios del XVI.
   Las obras, según nos demuestran los documentos, fueron lentas En el año 1497, fray Antón López, primicial de la Orden de la Santísima Trinidad se comprometía a «obrar y levantar de bóveda toda la iglesia de la Santísima Trinidad de la dicha ciudat».
   Sin embargo, en 1511 se envía a Antonio de Salazar a predicar «los tesoros y gracias espirituales» a cambio de los bienes temporales que darán para el texaro y fabrica del Sacro Colegio y casa de oración de la Trinidad de la dicha ciudat de Daroca».
   En 1512 se encargaba a Ismael el Morisco «catorce mil rajolas de la marca de Daroca». Pero en 1518 se le reclaman parte de los ladrillos a este rajolero: por lo cual parece que la iglesia se terminaría en fecha posterior.
   En 1537 si se habría terminado definitivamente, ya que los cofrades de la Asunción encargaban un retablo al pintor Domingo Durango, para esta iglesia, por 208 sueldos, que se recaudaban por suscripción.
   La iglesia consta de una nave, orientada al este y cubierta con bóveda de crucería, y ábside poligonal. Un atrio cubierto con bóveda de crucería cobija la portada que tiene arco apuntado con tres archivoltas de cardinas de tipo mudéjar, muy parecidas a las de la capitalla del Patrocinio, realizada como se ha dicho por los moros, Mahoma y Brahen de Cuéllar, y tímpano con un relieve del siglo XV que representa la llegada de la mula con la arqueta de los Sagrados Corporales.