Parece que empezó a construirse a mitad del siglo XII; las obras duraron todo el siglo XIII y parte del XIV, y sufrió añadidos sustanciales a lo largo del XV. A finales del siglo XVI se construyó una iglesia nueva, aunque dejando algunos restos de la anterior. Es el conjunto que hoy podemos admirar.
   La iglesia primitiva estaba orientada al este; tenía tres naves, la central mucho más alta y ancha que las laterales; al parecer solamente tenía dos tramos más la cabecera. La puerta primitiva se abría al sur, al igual que el resto de las iglesias de la ciudad. La torre era de ladrillo, de estilo mudéjar, seguramente levantada en el siglo XIII; hoy se encuentra totalmente invisible al exterior enfundada por la de piedra que se edificaba en 1441. También en el siglo XV fue reconstruida la puerta del Perdón, al oeste, aprovechando un tímpano de época más antigua.
   También proceden de la antigua iglesia el órgano y la sillería del coro; el órgano es obra del organista de Calatayud, Pascual de Mallén, quien recibía mil ochocientos sueldos, en 1498, por la construcción del mismo. Este órgano fue transformado en el siglo XVI por Guillermo Lupe. Las cincuenta sillas de madera del coro las fabricó el maestro fustero de Zaragoza, Juan Canes entre 1494 y 1495, recibiendo por ello mil sueldos.
   Antiguamente era la pared lateral de la iglesia, pero entre los siglos XV y XVI, viendo la gran afluencia de devotos y peregrinos visitantes de los Sagrados Corporales, se pensó en la ampliación definitiva. Se encargó de la dirección de las obras a Juan de Marrón, castellano y vecino de Orea, que en 1587 comenzó derribando el claustro y algunas casas contiguas. Abrió esta nueva Puerta, de estilo renacimiento tardío, con abundantes insinuaciones barrocas del siglo XVII.
   Consta de un arco de medio punto, apoyado sobre pilastras de molduraje muy sencillo. Su intrados tiene un angelito en la clave y va decorado con motivos vegetales en recuadros. en la clave exterior tiene un escudo y cabezas de clavo, dentro de recuadros. En las enjutas del arco hay ángeles con guirnaldas.
   A ambos lados de la puertahay cuerpos avanzados formados por grandes zócalos, sobre los que descansan pares de columnas corintias, en los que aparecen cuatro imágenes de Santos, muy deterioradas. El hueco superior, es a modo de hornacina rematado en forma de concha. Encima de estos huecos, corre un friso decorado y los grupos laterales de columnas rematan con un frontón triangular.
   El cuerpo superior tiene un gran ático, entre esbeltas columnas, decorado en relieve y representando a un sacerdote que muestra a la tropa los Sagrados Corporales. Este ático está terminado por un frontón curvo partido, y en el centro aparece la imagen de la Virgen que remata todo. A los extremos hay ángeles con escudos y dos imágenes toscas de Santos.

   Fue la puerta principal del primitivo templo y posiblemente la última fase de la construcción de aquel que, iniciado en estilo románico termina con esta muestra del gótico. Sencilla de líneas posee una indudable belleza que se traduce en perfecta armonía de conjunto.
   De clara influencia francesa puede situarse su construcción en la mitad del siglo XIV que fue remodelada arquitectónicamente en el siglo XV. Destaca la decoración del tímpano ejecutada por un escultor excesivamente imaginativo que nos ofrece una versión muy personal del Juicio Final, por lo que antiguamente se llamó a esta puerta la del Juicio final.
   El tímpano presenta una visión del Apocalipsis: Cristo triunfante entre el sol y la luna, y ángeles que portan los instrumentos de la pasión; es adorado por la Virgen y San Juan, que interceden por los hombre, los cuales son despertados de sus tumbas por ángeles trompeteros.
   Debe su nombre a poseer el privilegio de acogida, "Locus apellationis", y de perdón con sólo tocar con la mano uno de sus clavos y después santiguarse. Este clavo es diferente a los demás, y se distingue porque en su cabeza está marcada una cruz.

   Situada en la plaza de Santo Domingo, es una iglesia que conserva restos de la Edad Media y del siglo XVIII, época en la que fue reformada sustancialmente. La iglesia medieval, iniciada en el siglo XII, estaba orientada hacia el Este. Sus obras debieron durar por lo menos todo el siglo XIII; de la primera mitad del mismo es el ábside, de piedra, con tres ventanas con dientes de sierra en las arquivoltas, entre contrafuertes. Otro resto del siglo XIII es la torre, iniciada en piedra hasta un tercio de su altura y continuada en ladrillo, característica repetida en otras iglesias de la ciudad. Es la única torre que ha quedado en pie de estilo mudéjar y en ella sobresale la belleza de sus ventanas con arcos mixtilíneos formando rombos y el doble alero de arcos ciegos y modillones de rolo del remate.
   En el interior apenas se notan los restos de la iglesia antigua, ya que en el siglo XVIII se cambió la orientación de la cabecera y se construyó un edificio de tres naves de la misma altura, con tres tramos cada una, que se cubren con bóveda de crucería.
   Es de destacar en esta iglesia el coro realizado por el sacerdote Juan Francisco Rodríguez Sitién y fechado en el año 1700, así como el órgano que se halla colocado en la parte alta del coro.
   La Torre de esta Iglesia está incluída dentro de la lista de monumentos en la que la UNESCO declaraba Patrimonio de la Humanidad, el 14 de Diciembre de 2001, a todo el Mudéjar de Aragón.

Iglesia de San Juan

   Situada en la plaza de San Juan y fundada a mitad del siglo XII, se encuentra muy transformada debido a las sucesivas reedificaciones y restauraciones a que ha sido sometida. Inicialmente era de una sola nave, orientada al este, con ábside, torre en el lado sur, así como la puerta de acceso. Ya en el siglo XV debieron de añadirse dos capillas, las más próximas al presbiterio, época en la que también pudo acabarse la torre; y en el siglo XVII sufrió una transformación sustancial, que afectó al conjunto del edificio, abriendo algunas capillas y sustituyendo la puerta primitiva.
   A principios del siglo XX, se encontraba en mal estado, aunque aún se conservaba gran parte de la torre, iniciada en piedra y con dos cuerpos de ladrillo, de estilo mudéjar.
   Lo que en la actualidad se conserva de su fábrica primitiva es el presbiterio, con un ábside iniciado en piedra en el siglo XII y terminado en ladrillo en el XIII; este cambio de material supuso la transformación de las columnillas de piedra de la parte inferior en pilaretes de ladrillo en la superior. El ábside termina en un friso de arquillos ciegos realizados en ladrillo, de las mismas características que los que hay en Santa María o San Miguel, aunque en estas iglesias sean en piedra.
   El Abside de esta Iglesia está incluído dentro de la lista de monumentos en la que la UNESCO declaraba Patrimonio de la Humanidad, el 14 de Diciembre de 2001, a todo el Mudéjar de Aragón.

Iglesia de San Miguel

   Es posible que la iglesia de San Miguel, situada en la parte alta de la plaza del mismo nombre, se empezase en el siglo XII, pero la mayor parte de la misma se realizaría durante el siglo XIII. De esta época se conservan los muros laterales, la portada y el ábside. Ya en el siglo XV debió de construirse el cimborrio y la torre mudéjar, que desapareció hacia 1919. El coro actual se le añadió a principios del siglo XVI. En el siglo XVII se transformó en una iglesia de aspecto totalmente barroco, por el añadido de numerosas bóvedas de yeso al interior. La restauración realizada hacia 1965 le devolvió su estructura primitiva.
   Toda la iglesia es de piedra sillar, salvo el cimborrio, que es de ladrillo. Tiene tres naves, de sólo dos tramos cada una que se cubren con bóveda de cañón apuntado, lo mismo que el crucero. El cimborrio tiene bóveda de arista. El ábside, que se cubre con bóveda de horno, tiene al exterior triples columnas adosadas que terminan en capiteles de hojas y bolas; un friso de arquillos ciegos apoyados en ménsulas recorre todo el ábside.
   La puerta está situada en el muro sur, en el tramo de los pies. Tiene cinco arquivoltas de medio punto; la superior, con adornos de dientes de sierra y ajedrezado y restos de policromía. Se conservan algunos capiteles, aunque muy deteriorados.